So kann Mario im Laufe seines Abenteuers neue Fähigkeiten erlernen und Gegenstände in seinem Inventar aufbewahren. Der Clou des Spiels jedoch ist, neben der liebevollen Grafik, die Möglichkeit das Spielgeschehen von 2D in 3D zu "flippen" um somit verborgene Türen oder Schatzkisten aufzuspüren.
Auf dieser Grundidee basieren auch viele der einfallsreichen Rätsel, die Super Paper Mario zu einem einmaligen Spielerlebnis machen.